O Clube Náutico Capibaribe foi fundado no dia 7 de abril de 1901, porém, já existia na prática desde 1898. Na ocasião, dois grupos rivais de remadores se uniram em uma só equipe.
O remo se popularizou no Recife a partir de 1897, quando praticantes participaram de uma festa para recepcionar as tropas pernambucanas que lutaram na Guerra de Canudos.
A partir de então, a modalidade começou a dominar o Rio Capibaribe. No entanto, o Náutico ficou famoso ao longo dos anos por causa do futebol, disputado desde 1905.
Um grupo de ingleses chegou ao Recife e se filiou ao alvirrubro para formar uma equipe de futebol. No início, eles jogavam apenas aos domingos em campos de várzea da cidade.
A primeira partida oficial, porém, só ocorreu em 1909. O remo ainda era o principal esporte do Náutico e o clube até demorou para se filiar à Liga Recifense de Futebol, em 1914.
O profissionalismo veio nos anos 1930 e se consolidou em 1934, quando o alvirrubro venceu pela primeira vez o Campeonato Pernambucano, derrotando os rivais Sport e Santa Cruz.
Dois anos depois, o clube comprou o terreno em que construiu o atual estádio dos Aflitos, que leva o nome do bairro. O Timbu passou a ser o mascote da equipe na década de 1960.
Naqueles anos, aliás, veio a projeção nacional. Em 1967, a equipe ficou com o vice da Taça Brasil. Entre 1963 e 1968, veio o tão hegemônico e famoso hexacampeonato pernambucano.
No torneio nacional, o Timbu eliminou o Atlético-MG e o Cruzeiro, decidindo o título contra o Palmeiras. Perdeu na Ilha do Retiro (3×1), venceu no Pacaembu (2×1) e ficou com o vice no Maracanã (2×0).
Daqueles times surgiram grandes ídolos como Bita, Nino, Nado, Lala, Gena, Ivan Brondi e Salomão. Também estão na galeria de craques eternos Jorge Mendonça, Marinho Chagas, Mirandinha, Cláudio Milar, Denô, Mário Tilico, Adriano, Lúcio Surubim, Formiga, Nivaldo, Chapecó, Kuki, Acosta e Kieza,
Entre os principais títulos estão mais de 20 campeonatos estaduais, o tricampeonato do Norte (1965, 66, 67), a Copa dos Campeões do Norte (1966) e o vice da Série B (1988 e 2011).